Microbiologia Clinica
COORDINATORE TECNICO: Baldo Alberto
STAFF: BIELLI Alessandra, BRACCHITTA Fiorenza, BUSNI Andrea, CASALICCHIO Giorgia, DE GIORGI Stefano, FALCONE Leonarda, FANTI Diana, FERRARA Antonina Tindara, MATARAZZO Elisa, NAVA Alice, PISANÒ Giorgia Maria, RACO Domenico, ROMEO Lorenzo, TARTAGLIONE Livia, TORRI Stefania
TEL SEGRETERIA: 02 6444.3162 (lun-ven 8.00-11.00)
MAIL SEGRETERIA: esamilaboratorio@ospedaleniguarda.it
La Microbiologia Clinica effettua indagini di diagnostica e monitoraggio delle principali patologie infettive. Il laboratorio è parte attiva nello sviluppo di protocolli diagnostico-terapeutici per l’implementazione dell’appropriatezza delle richieste. Parte dell’attività è dedicata alla ricerca e sviluppo di aspetti metodologici per un continuo aggiornamento nel supporto alla clinica.
Di particolare rilievo è la Sezione di Micobatteriologia, che si avvale di metodiche molecolari per la diagnosi rapida della sepsi e delle infezioni respiratorie nei pazienti in condizioni critiche. La sezione svolge anche il ruolo di Laboratorio di Riferimento Regionale per la diagnosi della tubercolosi e delle micobatteriosi, eseguendo attività di diagnostica di primo e secondo livello su campioni biologici umani, in conformità alle indicazioni degli organismi internazionali (CDC e WHO). Al laboratorio spetta inoltre il coordinamento della rete laboratoristica regionale, in collaborazione con le ATS della Regione Lombardia, il Laboratorio Sovranazionale di Riferimento dell’Ospedale San Raffaele e l’Istituto Superiore di Sanità (ISS).
La struttura ha una capacità di circa 900.000 prestazioni all’anno ed è in grado di processare campioni di provenienza interna (reparti di degenza e ambulatori) ed esterna (centro prelievi, enti pubblici e privati convenzionati). Il laboratorio è operativo in orario diurno 7 giorni su 7, dispone di un servizio di guardia attiva dalle 8:00 alle 20:00 e di pronta disponibilità dalle 20:00 alle 8:00 per esami urgenti e non differibili.
La Microbiologia Clinica è infine parte attiva del Comitato Infezioni Ospedaliere, operando in stretta collaborazione con la Direzione per la sorveglianza delle infezioni. Il laboratorio partecipa ai sistemi regionali e nazionali (AR-ISS) di sorveglianza delle resistenze e a programmi di controllo di qualità esterni, sia nazionali sia europei (VEQ, Neqas ed EARS-Net).
Principali aree di attività
Batteriologia
Attività diagnostica dedicata alle infezioni batteriche e fungine, con sorveglianza attiva dei patogeni multiresistenti. I metodi fenotipici e molecolari impiegati sono di ultima generazione, sia per l’identificazione (spettrometria di massa) sia per la valutazione della sensibilità agli antibiotici e agli antimicotici (brododiluizione e ricerca di geni associati a farmacoresistenze). L’attività di sorveglianza continua dell’antibiotico-resistenza è garantita anche dalla produzione di report periodici che riportano le resistenze dei patogeni isolati da sangue e da altri materiali. Il settore dispone di un’area dedicata alla parassitologia ematica e fecale. Il laboratorio è all’avanguardia nel campo dell’automazione con una completa tracciabilità del campione, dalla semina all’interpretazione dei risultati.
Micobatteri
Laboratorio di terzo livello e sede della ceppoteca regionale di Mycobacterium tuberculosis complex. Il laboratorio esegue antibiogrammi di primo e secondo livello per micobatteri tubercolari, anche per ceppi multiresistenti, e svolge attività di sorveglianza epidemiologica finalizzata all’individuazione di focolai epidemici di tubercolosi mediante sequenziamento dei ceppi. Garantisce inoltre l’identificazione di tutti i micobatteri non tubercolari, con esecuzione di antibiogramma nei casi indicati. Il laboratorio è dotato di una stanza di biosicurezza di livello 3, che consente di lavorare con microrganismi ad elevata patogenicità.
Diagnostica molecolare
Settore dedicato alla diagnostica molecolare specifica per l'identificazione di infezioni virali, batteriche e micotiche. Esegue test di genotipizzazione per l’identificazione di ceppi virali e batterici e per l’individuazione di geni di resistenza, mediante metodiche di sequenziamento, anche in NGS. Monitora la terapia per HIV e HBV tramite l’individuazione di farmacoresistenze mediante sequenziamento.
Il settore ricerca agenti responsabili di infezioni del sistema nervoso centrale (pannello virus erpetici, enterovirus e virus JC), infezioni respiratorie e malattie sessualmente trasmissibili, come Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Mycoplasma genitalium e M. hominis, Ureaplasma urealyticum, U. parvum, Trichomonas vaginalis e HPV.
Il settore dispone di un’area dedicata al monitoraggio dei pazienti trapiantati che, oltre a quantificare la carica virale di Cytomegalovirus (CMV), virus di Epstein-Barr (EBV), polyomavirus BK (BKV) e herpes virus umano 6 (HHV-6), è costantemente orientato alla valutazione e all’introduzione di nuove metodiche per la ricerca di nuovi virus emergenti.
È inoltre parte della rete regionale lombarda e della rete nazionale del Ministero della Salute e dell’Istituto Superiore di Sanità per la diagnosi e il sequenziamento di SARS-CoV-2.
Immunodiagnostica infettivologica
Settore per la diagnosi sierologica che offre un ampio pannello di esami per la ricerca di patologie infettive rare e su pazienti immunocompromessi. Tra i test eseguiti, la diagnosi sierologica di epatiti virali di tipo A, B, C, Delta ed E, compresi test quantitativi per HBsAg e HBeAg.
Effettua analisi per le principali infezioni trasmissibili in gravidanza (ToRCH e Parvovirus), fornendo supporto ai ginecologi di ambulatori e consultori nei casi di sospette sieroconversioni. Sono attive metodiche in immunofluorescenza per il dosaggio del titolo anticorpale in febbre Q, schistosomiasi, leishmaniosi e per malattie virali da Coxsackie, Herpes 6 e Herpes 8 (fase latente e litica).
Il laboratorio esegue anche test di secondo livello, come l’immunoblot per la malattia di Lyme su siero e liquor, e saggi per la valutazione della risposta cellulo-mediata in alcune patologie di particolare interesse clinico, tra cui la diagnosi di tubercolosi latente e l’infezione da SARS-CoV-2.
Aree ad alta specializzazione
Tubercolosi e micobatteriosi non tubercolari
Il laboratorio è Centro di Riferimento Regionale per la Tubercolosi e le micobatteriosi non tubercolari, garantendo un percorso diagnostico completo per Mycobacterium tuberculosis complex e per i micobatteri non tubercolari (NTM), che comprende:
• Esame microscopico diretto con risultato entro 24 ore
• Coltura su terreni liquidi e solidi (6–8 settimane)
• Test rapidi di identificazione (NAAT) per M. tuberculosis complex e delle mutazioni correlate a farmacoresistenze
• Identificazione e caratterizzazione dei micobatteri su campioni inviati dai laboratori di I e II livello
• Antibiogrammi fenotipici di I e II livello dei ceppi di MTB, comprensivi dei test di sensibilità per farmaci di nuova introduzione (es. bedaquilina)
• Sequenziamento targeted-NGS (t-NGS) per la valutazione genotipica delle mutazioni di resistenza, eseguito in parallelo all’antibiogramma fenotipico consentendo una diagnosi più rapida e una terapia mirata e personalizzata
• Whole Genome Sequencing (WGS) degli isolati raccolti in tutta la Regione per lo studio della trasmissione e l’analisi del resistoma
• Invio dei ceppi multiresistenti (MDR) al Laboratorio di Riferimento Sovranazionale (Ospedale San Raffaele)
• Fornitura di emocolture dedicate ai centri sprovvisti di flaconi specifici
• Analisi di campioni istologici in paraffina mediante PCR per la rilevazione di M. tuberculosis complex
• Trasmissione dei dati microbiologici all’Istituto Superiore di Sanità (ISS)Sequenziamento del gene 16S rRNA per l’identificazione di specie NTM rare
• Identificazione di tutte le specie di NTM tramite metodi molecolari e spettrometria di massa
• Esecuzione di antibiogrammi fenotipici sia per NTM a rapida che lenta crescita
• Rilevazione di farmacoresistenza genotipica in ceppi NTM
Il laboratorio è parte attiva nella stesura delle Linee Guida Regionali per lo screening e la diagnosi della tubercolosi, collaborando con Regione Lombardia per i progetti di sorveglianza delle infezioni nosocomiali.
Legionellosi
Il laboratorio è Centro di Riferimento Regionale per la Legionellosi con mandato di gestire la ceppoteca regionale e la sorveglianza epidemiologica per lo studio e l’individuazione dei focolai.
Nord Italian Transplant Program (NITp)
Il laboratorio è Centro di Riferimento NITp occupandosi dell’attività di monitoraggio e supporto per la validazione di donatori di sangue, organo e tessuti nelle regioni Lombardia, Liguria, Veneto, Trentino-Alto Adige, Friuli Venezia Giulia e Marche. Il laboratorio gestisce test di primo livello e test di conferma di secondo livello sui donatori.
Formazione e didattica
La Microbiologia Clinica gestisce il modulo di “Microbiologia e microbiologia clinica” nel corso di laurea in Infermieristica dell’Università degli Studi di Milano. Segue inoltre personale in formazione, specializzandi in Microbiologia e Virologia e studenti in tesi.
L’elenco completo delle prestazioni eseguite con i relativi tempi di refertazione e modalità di raccolta dei campioni sono consultabili al seguente link: esami di laboratorio>>
Dove siamo
Piazza Ospedale Maggiore 3 – Padiglione 9, piano 1
