Si prende cura dei pazienti colpiti da patologie causate da agenti infettivi: batteri, funghi e virus. Il reparto di degenza è formato da stanze singole con bagno presso le quali è possibile anche effettuare l'isolamento dei pazienti con infezioni trasmissibili secondo le linee guida nazionali e internazionali. 

E' attivo un servizio di Day Hospital ed un servizio ambulatoriale che gestisce attività complesse con ambulatori specialistici per: infezioni da HIV, virus epatite, patologie tropicali d'importazione, medicina dei viaggi e delle migrazioni, infezioni a trasmissione sessuale ed infezioni nell'ospite immunodepresso (trapiantati, pazienti in terapia con farmaci biologici, cortisonici etc) e correlate alle dipendenze. Inoltre, è attivo un servizio di consulenza interna per i pazienti ricoverati a Niguarda che effettua più di 3000 consulenze l'anno e sono attive convenzioni per la consulenza in altre aziende del SSR.

Ad ogni paziente con infezione da virus HIV è assegnato un proprio medico di riferimento che lavora in collaborazione con altri specialisti: neurologo, dermatologo, oncologo, ematologo e psicologo a seconda delle necessità.

E' attivo, inoltre, un programma di trapianto di organi solidi (fegato, rene, cuore, polmone)  per pazienti con infezione da HIV. I  candidati a trapianto possono rivolgersi agli infettivologi per una prima valutazione specialistica e per la programmazione degli accertamenti pre-trapianto.

Principali patologie e trattamenti:

- infezioni da HIV e patologie correlate

- epatiti virali croniche, per curarle vengono impiegati i farmaci antivirali disponibili per il trattamento dell'epatite B e C; sono attivi inoltre diversi protocolli di sperimentazione clinica di fase II e III con farmaci di nuova generazione

- infezioni nosocomiali da germi multiresistenti (servizio di sorveglianza e consulenza insieme alla Farmacia e alla Microbiologia per i reparti dell’ospedale e per strutture esterne con sviluppo di progetti per la gestione degli antibiotici)

- infezione nel paziente immunocompromesso

- malattie sessualmente trasmesse

- malaria e altre malattie tropicali o d’importazione, correlate a viaggi e migrazione

- malattie esantematiche, sepsi, meningiti, osteomieliti

- febbri di natura da determinare (FUO) e linfoadenopatie